Еврейский музей Эстонии, открытый 17 декабря 2008 года, посвящён истории евреев Эстонии с момента возникновения еврейской общины в первой половине XIX века и до наших дней. В музее имеется постоянная экспозиция, библиотека и читальный зал, оцифрованный архив на странице в Интернете, а также большой архив, в котором собраны оригиналы различных документов.
Постоянная экспозиция на III этаже Общинного центра включает в себя 48 стендов, освещающих историю и различные аспекты жизни еврейской общины в Эстонии. На стендах представлена информация о знаменитых евреях Эстониях - учёных, врачах, юристах, деятелях культуры и науки, производственниках, спортсменах и общественных деятелях. В дополнение к основной экспозиции в главном офисе Общины представлены постеры о евреях, награждённых государственными наградами Эстонской республики.
В музее имеется небольшая библиотека, в которой собраны книги, написанные эстонскими евреями или об эстонских евреях. По соседству с музеем работает также библиотека Общины, где собрана обширная коллекция изданий по еврейской тематике, а также хранятся книги из библиотеки студенческой корпорации “Лемувия”, существовавшей в Тарту в довоенное время.
Оцифрованная версия архива доступна в Интернете и содержит множество фотографий, мемуаров, документов и прочих исторических материалов, представляющих интерес как для исследователей, так и для любителей истории евреев в Эстонии. Прямой доступ к Базе данных евреев Эстонии находится здесь. Кроме этого, в сети доступна большая коллекция материалов на еврейскую тематику Judaica в Национальном архиве Эстонии.
В архиве музея собраны тысячи единиц оригинальных документов, переданных музею частными лицами и организациями. Архив музея постоянно пополняется.
Создание Еврейского музея Эстонии было инициировано Марком Рыбаком (1945-2018). За столь значительную и важную работу президент Эстонии Тоомас Хендрик Ильвес в 2010 году наградил Марка Рыбака орденом Белой Звезды.
