האזכור הראשון לנוכחות יהודים ברקוורה מתוארך לשנת 1845. כעשרים שנה לאחר מכן חיו בעיר כמעט 100 משפחות יהודיות שזה מהווה כ-400 נפשות. רובם היו סוחרים ובעלי מלאכה. ב-18 באוגוסט 1883 הוגשה בקשה רשמית לרשויות העיר לפתיחת בית כנסת, וכבר בחורף של אותה שנה בית הכנסת החדש נחנך.

בית הכנסת, שהיה בבעלות הקהילה היהודית הדתית בעיר, שכן ברחוב רוחואיה (Rohuaia)  מספר 14. הוא ניצב במגרש השני ממזרח לרחוב לאדה (Laada) בצדו הדרומי של רחוב רוחואיה. במפת העיר משנת 1901, המגרש נושא את המספר 192. כיום, במקום זה נמצאים חלקית בית דירות ברחוב רוחואיה 22 והשטח הירוק של לאדה 7.

מבנה בית הכנסת היה בית עץ חד-קומתי אך גבוה יחסית. בתוכו היה אולם תפילה גדול ולצידו עזרת נשים שהופרדה באמצעות מחיצת עץ עם סורגים. הגברים התפללו באולם המרכזי בקומת הקרקע, בעוד הנשים שהו בעזרת הנשים במהלך התפילה. בצדו האחורי של המבנה התגורר הרב. שטחו הכולל של המבנה היה 84 מ"ר. בנוסף, פעלו בבית הכנסת משרד הקהילה וכן התקיימו בו בחירות למועצת האוטונומיה התרבותית של יהודי אסטוניה.

ככל הנראה, הרב הראשון של הקהילה לאחר פתיחת בית הכנסת היה אברהם-יצחק גורפינקל, יליד וילנה, אשר עזב לנרווה בשנת 1885. שמות שני רבנים נוספים ידועים: הרב הירש גראבע, שכיהן עד סוף שנות ה-20 של המאה ה-20, והרב אברהם גורביץ', שנבחר לרב הקהילה בשנת 1930.

במהלך מלחמת העולם השנייה נרצחו ברקוורה 22 יהודים. בית הכנסת שימש את הצבא הגרמני כנקודת חלוקה לחיילים. המבנה נחרב בשריפה בסתיו 1944.

לאחר המלחמה, הקהילה היהודית ברקוורה לא שוקמה. מספר היהודים הלך והתמעט בשל עזיבה והגירה. ברחוב לילאורו (Lilleoru) נמצא בית הקברות היהודי, שהוקם במחצית הראשונה של המאה ה-19.

בספה אנגלית בספה אסטונית